Im Magen-Darmbereich führen Globotriaosylceramid (GL-3)-Ablagerungen bei vielen Fabry-Patienten zu Blähungen und Bauchschmerzen nach den Mahlzeiten oder zu phasenweise auftretendem Durchfall. Manche Patienten leiden unter Übelkeit und Erbrechen oder Verstopfung.