Allergien entstehen aufgrund einer komplexen Pathogenese, die im Wesentlichen auf genetischen Faktoren und diversen Umwelteinflüssen abhängig ist. Die von den Eltern an die Kinder weitergegebene genetische Ausstattung hat in diesem Zusammenhang eine enorme Bedeutung.
Leidet ein Elternteil unter einer Allergie, beträgt das Risiko für das Kind zwischen 20 und 40 Prozent, ebenfalls eine allergische Erkrankung zu entwickeln. Haben dagegen beide Elternteile eine genetische Allergiebelastung, so beträgt die Wahrscheinlichkeit für die nachfolgende Generation etwa 50 bis 70 Prozent, mit der sie für eine Prädisposition zu allergischer Erkrankung ausgestattet sind. Diese genetische Ausstattung wurde in Zwillingsstudien untersucht, und man kam zu dem Ergebnis, dass die genetische Belastung mit der Konzentration von Immunglobulin E-Antikörpern (IgE-Antikörper) korreliert.

Bei den betroffenen Kindern stellt sich die Allergieausprägung schon sehr früh ein, und vielfach kann die Diagnose eines Atopikers bereits im Nabenschnurblut anhand der IgE-Antikörper im Serum gestellt werden. Werden in solchen frühen Fällen beispielsweise diverse Antikörper gegen Hausstaubmilben oder andere Allergene gefunden, deutet dies darauf hin, dass diese Reaktion des kindlichen Organismus vermuten lässt, dass die Mutter während der Schwangerschaft mit diesen allergieauslösenden Faktoren Kontakt hatte. Dabei ist auch deutlich geworden, dass die Antikörper bei den Neugeborenen offenbar nicht vom Blut der Mutter auf das Kind übertragen wurden, sondern dass das fetale Immunsystem bereit vor der Geburt mit einer direkten Reaktion auf das auslösende Allergen reagiert hat.

Es soll sich im Verlaufe einer Schwangerschaft bei werdenden Müttern generell eine Verschiebung der Reaktion des Immunsystems ausprägen. Die Immunzellen des Kindes mit einer atopischen Belastung sind dann nicht in der Lage, eine normale Reaktion eigentlich harmlose Stoffe zu entwickeln, sondern erleben eine Fehlreaktion der Immunzellen, die es verhindert, eine allergische Überreaktion zu entwickeln.

Es gibt aber offenbar kein einzelnes Allergie-Gen, sondern die allergische Prädisposition ist an ein komplexes Genom gekoppelt. Dies erklärt auch den Befund, dass Kinder mit allergischer Prädisposition meist auf eine Vielzahl unterschiedlicher Stoffe allergisch reagieren, und sowohl Asthma als auch Heuschnupfen, Nahrungsmittelallergien und das breite Spektrum allergischer Ekzeme, Urtikaria oder Psoriasis gleichzeitig aufweisen können. Wahrscheinlich sind an einer allergischen Konstellation eines Individuums sogar mehrere Gene beteiligt.