Der Dünndarm beginnt im Anschluss an den Zwölffingerdarm. Er besteht aus Leerdarm (Jejunum) und Krummdarm (Ileum). Beide zusammen sind bis zu neun Meter lang. Das Aussehen des Dünndarms ähnelt einem hochgekrempelten Ärmel.
Die wichtigsten Aufgaben des Dünndarms sind Verdauung, Transport und Aufnahme (Resorption) der Nahrungsbestandteile, Flüssigkeitsaustausch und Aufrechterhaltung der Elektrolytbalance sowie die angemessene Abwehr von Antigenen, Viren, Bakterien, Pilzen und Parasiten.
Im Jejunum werden Fette, Eiweißabbauprodukte, Zucker, die fettlösliche Vitaminen A, D, E und K sowie einige Spurenelemente aufgenommen. Im unteren Dünndarm, dem Ileum wird Vitamin B resorbiert. Die Aufnahme der Nährstoffe, Vitamine, Mineralien und Salze erfolgt über den Kontakt mit der Darmschleimhaut. Damit die Resorption möglichst effektiv ablaufen kann, muss deren Oberfläche möglichst groß und der Darminhalt flüssig sein.
Die gesunde Darmschleimhaut bildet Ausstülpungen, die “Darmzotten” (Villi) aus, die die Oberfläche der Schleimhaut um ein Vielfaches vergrößern. Auf einem Quadratzentimeter Schleimhautoberfläche befinden sich 2000 bis 3000 Darmzotten. In jeder dieser Zotten verlaufen eine Vene, eine Arterie, ein Lymphgefäß und ein Nerv. Dadurch können Nährstoffe, Vitamine, Mineralien und Elektrolyte schnell und vollständig aus dem Darm in den Blutkreislauf gelangen. Aufgefaltet hat die Darmschleimhaut eine Fläche von 200 m², was ungefähr der Größe eines Tennisplatzes entspricht.
Zwischen dem Dünndarm und dem Dickdarm befindet sich eine Klappe (Ileozökalklappe), die wie ein Ventil funktioniert. Sie sorgt dafür, dass der Inhalt des Dickdarms nicht in den Dünndarm zurück fließen kann.
Alle Bestandteile der Nahrung, die vom Dünndarm nicht aufgenommen werden können, werden über die Peristaltik in den den Dickdarm transportiert. Der Dickdarm ist etwa einen Meter lang und hat einen Durchmesser von ungefähr 7 cm. Er besteht aus dem Blinddarm mit Wurmfortsatz, einem aufsteigenden, einem querliegenden und einem absteigenden Abschnitt. Wichtigste Aufgabe des Dickdarmes ist es, Wasser und Elektrolyte aus dem Darminhalt aufzunehmen und die unverdauten Reste der Nahrung zum Ausgang zu transportieren. Wie der Dünndarm, ist auch der Dickdarm mit einer Schleimhaut überzogen. Die Schleimhaut im Dickdarm ist gefaltet, hat aber keine Darmzotten mehr, da hier kaum noch Nahrungsbestandteile resorbiert werden.
Im Dickdarm spielen Mikroorganismen, die als Darmflora bezeichnet werden, eine wichtige Rolle. Die Keime dieser Darmflora bilden eine komplexe ökologische Einheit mit vielfältigen Stoffwechselaktivitäten. Die Bakterien zersetzen einen Teil der im Dünndarm unverdaulichen Cellulose und vergären restliche Kohlenhydrate. Übrig gebliebene Proteine bauen die Bakterien in Fäulnisprozessen ab. Dabei produzieren die Bakterien Gase wie Methan, Wasserstoff, Stickstoff und Kohlendioxid, Bestandteile der Darmgase. Für den unangenehmen Geruch sind Spuren von Schwefelwasserstoff, Methandiol und Dimethylsulfid verantwortlich. Pro Tag entsteht etwa ein Liter Darmgase.
Bei Patienten mit Morbus Crohn sind meistens der untere Dünndarm und der obere Teil des Dickdarms erkrankt. Bei Patienten mit Colitis ulcerosa ist ausschließlich der Dickdarm betroffen. Veränderungen am Dünndarm entstehen bei Colitis ulcerosa nur dadurch, dass die Ileozökalklappe nicht richtig schließt und der Inhalt aus dem Dickdarm in den Dünndarm zurückfließt.