Die medikamentöse Therapie hat bei den durch Rotaviren verursachten Durchfällen bei Säuglingen und Kleinkindern nahezu keine Bedeutung. Meist heilt die Durchfallerkrankung unproblematisch und innerhalb weniger Tage aus. Die eigentliche Gefährdung besteht vorwiegend in dem Wasser- und Elektrolytverlust und – bei länger anhaltender Erkrankung – in dem Risiko, in einen Zustand der Unterernährung zu gelangen.
Gut geeignet bei gleichzeitigem Auftreten von Übelkeit, Erbrechen oder Magen- und Darmkrämpfen ist Uzara. Eine zusätzliche medikamentöse Therapie (Behandlung) mit sogenannten Antidiarrhoika ist nicht angzeigt, und auch vor dem unkritischen Gebrauch von Motilitäts- und Sekretionshemmern wird gewarnt.
Der Einsatz von Bakterien- und Hefepräparaten ist nur in wenigen speziellen Fällen sinnvoll, wie zum Beispiel bei durch Antibiotika hervorgerufenen Diarrhoeen.
Säuglinge unter vier Monaten mit bakterieller Darminfektion (Enteritis) durch Salmonella, Shigella, Campylobacter oder Yersinia sollten wegen möglicher Komplikationen mit Antibiotika behandelt werden. Die Behandlung von Säuglingen nach dem vierten Lebensmonat und Kleinkindern mit Antibiotika ist sinnvoll, wenn ein septisches Krankheitsbild oder Immundefekte vorliegen bzw. eine immunsuppressive Behandlung durchgeführt wird.