Die chronische Entzündung im Darm kann die hormonelle Steuerung beeinflussen. Im schweren Schub haben daher viele Patientinnen Zyklusstörungen. Die Regelblutung kommt unregelmäßig oder bleibt ganz aus. Wenn die Krankheitssymptome sich bessern, kommt auch die Periode meist wieder regelmäßig.
Auch Patientinnen, die durch einen Krankheitsschub stark abgenommen haben, leiden häufig unter Zyklusstörungen. Wenn die Fettspeicher abgebaut sind, kann nicht ausreichend Östrogen produziert werden um den Zyklus in Gang zu setzen.
Die Periode kann auch ausbleiben oder unregelmäßig werden, wenn über längere Zeit eine Kortisontherapie durchgeführt wird.