Fehlt α-L-Iduronidase, können die Glykosaminoglykane (GAG) nicht abgebaut und aus der Zelle entfernt werden. Sie verbleiben in den Zellen und reichern sich dort an.
Die Anreicherung von Glykosaminoglykanen führt dazu, dass die Zelle zunehmend in ihrer Funktionsfähigkeit eingeschränkt wird, bis sie zerstört ist. Durch die kontinuierliche Zunahme der Ablagerungen im gesamten Organismus treten immer mehr Zell-, Gewebe- und Organschäden auf.
Folgende Organe werden im Verlauf der Krankheit durch die zunehmenden Ablagerungen in unterschiedlichem Ausmaß geschädigt: