Zunächst ergibt sich aufgrund der Kombination der Symptome und Laborbefunde aus Blut- und Urinuntersuchung lediglich der Verdacht, dass es sich um Morbus Fabry handeln könnte.
Zusätzliche Hinweise kann eine Familienanamnese liefern. Treten ähnliche Symptome bei Familienmitgliedern auf oder leiden Verwandte an Nierenerkrankungen, Schlaganfällen oder Herzproblemen mit unklarer Ursache, wird der Verdacht auf Morbus Fabry konkreter.
Zur Absicherung der Diagnose kann bei betroffenen Männern ein Labortest zum Nachweis einer erniedrigten oder fehlenden Enzymaktivität durchgeführt werden.
Bei potenziell betroffenen Frauen reicht die Messung der Enzymaktivität zum Nachweis des genetischen Defektes häufig nicht aus, da bei den meisten ein gesundes X-Chromosom vorhanden ist, das oft eine ausreichende Enzymaktivität gewährleistet. Bei Frauen ist daher zur Absicherung der Diagnose zusätzlich noch eine Genanalyse erforderlich.