Der genetische Defekt, der Morbus Fabry verursacht, liegt auf dem X-Chromosom. Daher leiden fast alle betroffenen Männer an der vollen Ausprägung der Erkrankung. Bei männlichen Betroffenen kann Morbus Fabry daher relativ einfach eindeutig diagnostiziert werden.
Über den Nachweis einer verminderten α-Galaktosidase-Aktivität wird die Diagnose definitiv abgesichert. Die α-Galaktosidase-Aktivität kann im Plasma oder Serum, in Leukozyten, in Tränenflüssigkeit, in Gewebeentnahmen oder kultivierten Hautfibroblasten gemessen werden.
Lipidablagerungen in Gewebeproben oder im Harnsediment geben bei Männern einen sicheren Hinweis auf Morbus Fabry.
Bei allen Männern mit Morbus Fabry findet man die charakteristischen Hornhauttrübungen im Auge.