Vor allem während eines akuten Schubes können Nahrungsbestandteile im Darm nicht richtig aufgenommen und verwertet werden. Gleichzeitig ist durch das Wachstum bei Kindern und Jugendlichen der Bedarf an Nährstoffen, Vitaminen und Mineralien erhöht.
Um Mangelerscheinungen vorzubeugen oder auszugleichen sind häufig Präparate mit Eisen, Folsäure, Zink und Magnesium sowie Multivitaminpräparate notwendig.
Die medikamentöse Therapie ist vergleichbar mit der Therapie erwachsener Patienten mit chronisch entzündlichen Darmkrankheiten.
Problematisch kann bei Kindern und Jugendlichen die Therapie mit Kortison werden. Das Wachstum kann nur ungestört ablaufen, wenn die Entzündung im Darm zum Stillstand gekommen ist. Dies kann mitunter nur mit Kortison erreicht werden. Kortikoide hemmen jedoch das Wachstum. Außerdem sind Nebenwirkungen wie Akne, Gewebsrisse (Striae) oder ein rundes Gesicht, häufig stärker ausgeprägt als bei erwachsenen Patienten. Daher wird Kortison in der Wachstumsphase meist nur kurzfristig verabreicht, um einen akuten schweren Krankheitsschub einzudämmen und die Nebenwirkungen zu vermeiden.