Frauen mit Morbus Crohn oder Colitis ulcerosa sind in der schubfreien Zeit genauso fruchtbar wie gesunde.
Während eines akuten Schubes oder in der ersten Zeit danach kann die Fruchtbarkeit eingeschränkt sein. In dieser Zeit kann die Periode unregelmäßig kommen oder ganz ausbleiben. Der Körper schaltet auf „Schongang“ und schützt sich vor einer zusätzlichen Belastung durch eine Schwangerschaft.
Die Zeugungsfähigkeit ist bei Männern mit chronisch entzündlichen Darmkrankheiten im allgemeinen nicht beeinträchtigt. Salazosulfapyridin und Sulfasalazinpräparate können jedoch zur vorübergehenden Unfruchtbarkeit führen, die sich etwa zwei Monate nach Absetzen des Präparates oder durch einen Wechsel zu anderen Medikamenten normalisiert.