Der gesamte Verdauungstrakt ist von Bakterien und Hefen besiedelt. Mindestens 99 Prozent davon befinden sich im Dickdarm. Die Gesamtheit der Darmlebewesen nennt man Darmflora. Die Darmflora entwickelt sich ab der Geburt bis zum Erwachsenenalter und ist individuell sehr unterschiedlich. Jeder Mensch hat eine andere Zusammensetzung von bis zu 500 Bakterienstämmen mit 100 Billionen Einzelexemplaren. Das sind zehn mal so viele Zellen, wie ein Mensch Körperzellen hat. Mehr als 40 Prozent der Gesamtmasse des Stuhls bestehen aus lebenden oder abgestorbenen Bakterien der natürlichen Darmflora. Die Darmflora überzieht die gesamte Darmschleimhaut und bildet so eine Barriere gegenüber Krankheitserregern. Stoffe (z.B. Zellwände von Obst und Gemüse), die von den körpereigenen Verdauungsenzymen nicht gespalten werden können, werden unverändert vom Dünndarm in den Dickdarm transportiert. Früher dachte man, diese Stoffe hätten keine Bedeutung für den Körper und bezeichnete sie als “Ballaststoffe”.

Inzwischen weiß man, dass die Darmbakterien im Dickdarm Ballaststoffe zu Abbauprodukten (Essigsäure, Propionsäure, Buttersäure und Milchsäure) zersetzen, die für die Ernährung und Durchblutung der Darmschleimhaut unentbehrlich sind. Wenn diese Abbauprodukte fehlen, ist die Ernährung der Dickdarmschleimhaut nicht ausreichend gewährleistet und die Zellen sterben ab. Dadurch kann sich die Darmschleimhaut entzünden. Störungen der Darmflora können daher ursächlich zur Entstehung von CED beitragen. Aus Untersuchungen bei Tieren weiß man auch, dass ohne Darmflora keine chronisch entzündlichen Darmkrankheiten entstehen.