Der gesamte Verdauungstrakt verfügt über ein eigenständiges Immunsystem, das mit weiteren Immunsystemen des Körpers in Kontakt steht. In den Darmschleimhäuten befinden sich mehr als 70 Prozent aller Immunzellen des Körpers. Mehr als 90 Prozent aller Antikörper werden hier gebildet. Ein intaktes Darmimmunsystem ist daher von zentraler Bedeutung für das Gesamtimmunsystem des Körpers.

Das Immunsystem des Darmes hat die Aufgabe, einerseits die normale Darmflora und die Nahrungsbestandteile zu tolerieren, andererseits gefährliche Krankheitserreger zu erkennen und über eine Entzündungsreaktion zu vernichten. Die Regulation der Immunantwort des Darmes ist also ein ständiger Balanceakt der Unterscheidung zwischen “Gut” und “Böse”.

In der Darmschleimhaut befinden sich sogenannte “Gedächtniszellen”, die jeden Krankheitserreger, mit dem sie jemals in Kontakt waren, wiedererkennen. Dringt ein solcher Erreger in den Darm ein, werden auf ein Erkennungssignal der Gedächtniszellen Antikörper (Abwehrzellen) gebildet, die sich auf der Schleimhaut ansiedeln und das Eindringen des Erregers verhindern. Gegen diesen Erreger ist der Mensch dann “immun”. Die ungefährlichen Keime der natürlichen Darmflora aktivieren und trainieren die Abwehrzellen, um sie auf die Bekämpfung von Krankheitserregern vorzubereiten.

Die Ausbildung und Stärke des Immunsystems ist daher eng mit der Zusammensetzung der Darmflora verknüpft. Wenn das Immunsystem durch die Darmflora nicht genügend trainiert wird, ist es zu schwach oder reagiert unangemessen heftig.

Eine entscheidende Rolle spielt das Training des Immunsystems während der Kindheit, wenn sich die individuelle Zusammensetzung der Darmflora entwickelt. Untersuchungen haben ergeben, dass ein zu hoher hygienischer Standard in der Kindheit das Auftreten von Chronisch entzündlichen Darmkrankheiten evtl. begünstigen kann.

Bei Menschen mit CED ist, vor allem während der entzündlichen Krankheitsschübe, die Regulation des Darmimmunsystems gestört. Das Immunsystem kann nicht richtig zwischen “Freund” und “Feind” unterscheiden und zerstört das Darmgewebe. Die betroffenen Darmabschnitte entzünden sich, Schmerzen und Durchfälle sind die Folge. Da die Immunabwehr gegen körpereigene Gewebe erfolgt, gehören die CED zu den Autoimmunerkrankungen (griechisch auto = selbst).