Bei chronisch entzündlichen Darmkrankheiten bleiben Krankheitssymptome oft nicht auf den Darm begrenzt. Die Patienten leiden häufig gleichzeitig an Gelenkschmerzen, Hautveränderungen oder Augenentzündungen. Manchmal machen sich die Begleiterkrankungen schon vor der Darmerkrankung bemerkbar. In manchen Fällen wird die Darmerkrankung erst auf dem Umweg durch Symptome außerhalb des Darmes (extratestinale Symptome) erkannt.
Die Ursachen für die Begleiterkrankungen sind noch nicht vollständig geklärt. Als eine Ursache vermuten Wissenschaftler, dass sich die Autoimmunreaktion, die die Entzündung der Darmschleimhaut bewirkt, nicht auf den Darm begrenzt, sondern sich auch in anderen Bereichen des Körpers auswirkt.
Eine weitere Ursache von Begleiterkrankungen sind Mangelerscheinungen, vor allem bei Morbus Crohn, die durch unzureichende Versorgung und erhöhtem Verlust an Nährstoffen, Vitaminen, Mineralien und Spurenelementen entstehen.
Bei Patienten mit Morbus Crohn, bei denen die Resorption der Nahrungsbestandteile im Dünndarm beeinträchtigt ist, sind Mangelerscheinungen meist stärker ausgeprägt als bei Patienten mit Colitis ulcerosa, bei denen sich die Entzündung auf den Dickdarm beschränkt. Bei beiden Krankheiten treten Nährstoff-, Flüssigkeits- und Blutverluste durch Krankheitsschübe mit Durchfällen und Fieber auf.