Tritt die Durchfallerkrankung akut auf, spricht dies in vielen Fällen für eine infektiöse Ursache durch Bakterien, Viren oder Einzeller (Protozoen). Deutlich seltener treten die akuten Durchfälle aufgrund eingenommener Medikamente, falscher Nahrungsmittel oder wegen einer Lebensmittelallergie auf.
Parasiten, die zu schweren Darmerkrankungen führen können und Durchfall hervorrufen, sind Protozoen (Einzeller) und Helminthen (Würmer). Meist wird ein ruhrähnliches Krankheitsbild (z.B. Amöbenruhr) hervorgerufen, bei dem es zu wässrigen bis blutigen Durchfällen mit Fieber kommt, und die Betroffenen schwer erkrankt sind.
Gefürchtet, weil sie in jeder Altersgruppe zu bedrohlichen Durchfällen führen können, sind Infektionen durch Rotaviren. Mit zunehmendem Lebensalter wird die Rate der Infektionen durch Rotaviren geringer. Erst im hohen Alter kommt es wieder zu häufigerem Auftreten von Rotaviren- Infektionen mit Durchfall.
Arzneimittel können einen Durchfall auf unterschiedlichen Wegen verursachen. So kann der Transport des Darminhaltes beschleunigt werden, die Darmflüssigkeit wird nicht ausreichend resorbiert oder es kommt zu einer vermehrten Sekretion in die Darmlichtung. Jede dieser Störungen kann alleine oder sie können auch gemeinsam auftreten. Es handelt sich in den allermeisten Fällen um eine funktionelle Störung des Verdauungssystems.
Meist werden durch eine Nahrungsmittel-Intoleranz bzw. -Allergie verursachte Beschwerden erst relativ spät erkannt und mit der tatsächlichen Ursache in direkte Verbindung gebracht, nicht zuletzt, weil die Betroffenen von sich aus diejenigen Nahrungsmittel meiden, die bei ihnen zu den regelmäßigen Verdauungsbeschwerden führen.