Voraussetzung für eine funktionierende Symbiose ist aber eine ausgewogenes Gleichgewicht des Systems. Damit beispielsweise der Schutz vor fremden Erregern sichergestellt ist, müssen Säurebakterien und Fäulnisbakterien in ausgewogenem Verhältnis zueinander stehen.
Falsche Ess- und Ernährungsgewohnheiten setzen der Darmflora erheblich zu, chemische Fremdstoffe wie Konservierungsstoffe oder zu große Mengen Alkohol können das Gleichgewicht der Darmflora empfindliches stören.Oft sind es auch Medikamente, wie etwa Antibiotika, die eigentlich zur Heilung einer Infektionskrankheit eingenommen werden, die gleichzeitig die Keime der Darmflora schädigen und zu Störungen bei der Verdauung führen. Sind aber diese natürlichen Mitbewohner des Darmes geschädigt oder in ihrer Zahl reduziert, können sie ihrer Aufgabe nicht mehr ausreichend nachkommen.
Fremdkeime können die Darmschleimhaut besiedeln und zu Durchfall oder Schleimhautschäden führen, das Immunsystem wird geschwächt und die normale Beweglichkeit des Darmes kann gestört sein.
Ist die Darmflora aus der Balance, entstehen nicht selten lästige Blähungen durch übermäßige Gasbildung, übelriechende Stuhlgänge durch überwiegen der Fäulnisbakterien, Durchfall oder eine chronische Verstopfung durch die veränderte Motilität.
Ein weiteres Phänomen, für das eine gestörte Darmflora verantwortlich gemacht wird, ist die Zunahme an Nahrungsmittelallergien und -unverträglichkeiten. Die nicht mehr vollständige Barriere an der Darmschleimhaut lässt allergieauslösende Stoffe passieren, die auf diesem Weg in den Körper gelangen.