Der menschliche Körper wird von vielen Mikroorganismen besiedelt, die sich auf der Haut und den Schleimhäuten angesiedelt haben. Diese Mitbewohner leben in enger Symbiose mit dem menschlichen Organismus und nehmen unterschiedliche Schutzmechanismen wahr.
Im Dünndarm und im Dickdarm befinden sich diese großen Bakterienkolonien, die unterschiedliche und wichtige Aufgaben für den menschlichen Organismus wahrnehmen. Etwa vierhundert verschiedene Bakterienarten wurden im menschlichen Darm identifiziert, die alle in der Lage sind, unter strikt sauerstoffarmen Bedingungen zu leben. Es handelt sich also um sogenannte anaerobe Keime.
Diese Keime kleiden die Schleimhaut des Darmrohres wie eine Tapete aus und verhindern dadurch, dass krankmachende Keime die Darmwand durchwandern und in den Organismus gelangen. Außerdem regt ihre Anwesenheit den Darm zu der für die geregelte Verdauung notwendigen Peristaltik (wellenförmigen Bewegung) an. Die meist aus pflanzlicher Nahrung entstammende Zellulose und Ballaststoffe können von den Verdauungssäften und Enzymen nicht oder nur unzureichend aufgespalten werden. Diese Aufgabe übernehmen die im Darm ansässigen Bakterien.
Mit dem bakterieneigenen Stoffwechsel werden unterschiedliche, für den Menschen lebenswichtige Vitamine gebildet und zur Verfügung gestellt.
Die Anwesenheit von Bakterien stimuliert das Immunsystem und fördert damit die körpereigenen Abwehrkräfte.
Gärungs- und Fäulnisprozesse werden durch die Bakterien ausgelöst, die bei der Verarbeitung der Nahrungsreste zu dem Stuhlgang notwendig sind.
Durch ihre große Zahl verdrängen die Darmbakterien (Darmflora) andere Keime und verhindern, dass sich Fremdkeime an der Darmwand ansiedeln können.