Von hier gelangen die Inhaltsstoffe der Nahrung in den Dünndarm, bei dem es sich um den längsten Gang des menschlichen Körpers handelt. Bis zu sechs Meter lang ist dieses Organ und ist ausgekleidet mit vielen Darmzotten, die zu einer enormen Vergrößerung der Gesamtoberfläche des Dünndarmes führen.
Die Nahrungsbestandteile müssen nun durch kontrahierende (zusammenziehende) und relaxierende (entspannende), regelmäßige Bewegungen eng an die Oberfläche des Dünndarms gebracht werden, weil hier die Aufnahme (Resorption) der kleinsten Bausteine der Nahrung stattfinde.Wasser und die Spaltprodukte aus Eiweißen, Kohlenhydraten und Fetten sowie die unentbehrlichen Elektrolyte, Mineralstoffe und Vitamine wandern über die Zotten der Darmschleimhaut in die Lymph- und Blutgefäße, von wo aus sie in den Organismus gelangen und den Zellen der unterschiedlichen Organe zur Verfügung stehen.
Hat die Nahrung den Magen erreicht, reagiert dieser durch starke Muskelbewegung und durchmischt den Nahrungsbrei mit dem Magensaft. Alle mit der Nahrung aufgenommenen Erreger (Bakterien und andere Keime) werden durch die starke Magensäure (Salzsäure) zerstört und können so keine Krankheiten verursachen.
Auch werden durch die Magenmuskulatur peristaltische (wellenförmige) Bewegungen ausgelöst, die den Speisebrei weitertransportieren. Portionsweise durchläuft er den sogenannten Magenpförtner, einen Schließmuskel, der den Mageninhalt portionsweise in den Zwölffingerdarm entlässt. In dieses Darmsegment mündet auch ein kleiner Gang von der Bauchspeicheldrüse (Pankreas) und ein weiterer, der von der Galle kommt. Die Sekrete aus Pankreas und Galle enthalten andere wichtige Enzyme und Hormone für die Verdauung, die einerseits die Funktion des Verdauungssystems unterstützen, andererseits Fette, Kohlenhydrate und Eiweiße zu ihren kleinsten Bausteinen aufspalten.